À sa mort en 1519, Leonardo a été enterré dans la chapelle de Saint-Florentin au château d'Amboise dans la vallée de la Loire. Toutefois, ce bâtiment a été détruit sous la révolution française en 1802 ainsi que les tombes qu'il contenait. Les restes du peintre auraient été mis dans un panier et perdus. Cependant des doutes ont émergés en 1863 lors d'une fouille effectuée par un amateur sur le site ; celui-ci a trouvé un cercueil de pierre contenant un squelette et un grand crâne jugé « assez grand pour contenir et le cerveau exceptionnel » de l'artiste. Ces restes ont été découverts près d'une dalle portant l'inscription LEO DUS VINC. Ils ont alors été entreposés à cette époque dans une plus petite chapelle, celle de Saint Hubert. Cependant, une plaque installée au-dessus de la tombe prévient que cet endroit est présumé être celui de sa tombe.
Maintenant, les scientifiques espèrent que les progrès des tests génétiques pourraient, enfin, donner une réponse. En effet le grand peintre peut avoir laissé des traces de son ADN dans ses différentes œuvres : peintures, cahiers, dessins, pinceaux utilisés ; les généticiens prévoient de les étudier pour retrouver des traces de ses empreintes digitales, de la poussière de peau et éventuellement des fragments de cheveux permettant d'étudier son ADN.
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