Néanmoins, le domaine de la virologie regorge de questions sans réponse sur ces entités architecturales simples, mais qui restent mystérieuses. Dans le cadre de nouvelles recherches, Arvind Varsani, virologue moléculaire à l'université d'État de l'Arizona, s'associe à une prestigieuse équipe internationale pour explorer une classe particulière de virus en détectant les fragments génétiques qui révèlent toute la complexité de l'évolution virale.
La nouvelle étude examine la dynamique évolutive des virus à ADN « circulaire monocaténaire codant une "protéine à réplication-associée" ».
Commentaire : Dans la suite du texte et pour une lecture plus fluide :
« circulaire monocaténaire codant une "protéine à réplication-associée" » sera intitulé CRESS pour « circular Rep-encoding single-stranded », et
« protéine à réplication-associée » sera intitulé Rep pour « replication-associated protein ».
Par ailleurs, un virus à ADN peut être soit à simple brin ou monocaténaire, soit à double brin ou bicaténaire.
Les résultats montrent que cette vaste classe de virus à ADN monocaténaire — qui contaminent les trois domaines cellulaires de la vie — ont acquis leurs composantes génétiques grâce à des processus évolutifs complexes qui ne peuvent être corrélés à un seul événement ancestral. Les virus sont plutôt des imitateurs obsessionnels qui s'approprient du matériel génétique provenant de nombreuses sources, y compris des cellules bactériennes, archées et eucaryotes ainsi que des réplicons parasites circulaires, appelées plasmides, et d'autres éléments génétiques nomades tels que les transposons.
Commentaire : Il semble que les scientifiques ont souvent du mal à tracer les « processus évolutifs qui sont corrélés à un seul événement ancestral ». Il y a toujours quelque chose ou plutôt tout un tas de choses qui ne font tout simplement pas sens, mais cela ne les empêche pas d'espérer qu'un jour ça fonctionnera peut-être.
Lorsqu'un ensemble d'éléments nomades — comme les virus à ADN CRESS — provient de plus d'un ancêtre ou d'un groupe ancestral évolutif commun, ils sont appelés polyphylétiques. Ce phénomène est courant dans le monde viral, présentant à la fois des défis et des opportunités pour les chercheurs, car les définitions, les taxonomies et les trajectoires évolutives de ce vaste domaine sont reconsidérées, à l'aide de nouvelles techniques puissantes.
Commentaire : Les scientifiques donnent l'impression ici de vouloir admettre que la théorie de l'évolution ne fonctionne pas, mais c'est plus fort qu'eux et ils ne peuvent s'empêcher de répéter le mot ad vitam aeternam.
Une meilleure compréhension de l'échange d'informations génétiques entre différents virus et fragments génétiques dérivés de cellules pourrait un jour améliorer les tentatives mises en œuvre pour contrôler ces entités parasites, dont certaines ont eu des effets dévastateurs sur le bien-être humain et le rendement des cultures.
De telles explorations pourraient également jeter un nouvel éclairage sur les origines de la première vie sur Terre et résoudre la question de savoir comment la vie cellulaire a pu coexister avec l'effroyable éventail de virus de la planète, surnommé le virome [ensemble des génomes d'une population virale trouvés dans un même organisme ou dans un même environnement - NdT]. Comme l'explique Arvind Varsani :
« Au cours de la dernière décennie, nous avons découvert des virus dans divers écosystèmes à l'aide d'approches métagénomiques et, par conséquent, nous avons en mesure d'alimenté les bases de données de ces virus à ADN CRESS, ouvrant la voie à une analyse mondiale qui a permis de mieux comprendre leur origine ainsi que celles d'autres virus apparentés. »Arvind Varsani est chercheur au Centre de biodesign pour les mécanismes de l'évolution et au Centre de microbiomiques fondamentales et appliquées, ainsi qu'à l'École des sciences de la vie de l'ASU.
Il fait équipe avec Darius Kazlauskas de l'Institut de biotechnologie du Centre des sciences de la vie à l'université de Vilnius en Lituanie ; Eugene V. Koonin de l'Institut national de la santé de Bethesda dans le Maryland aux États-Unis ; et Mart Krupovic du Département de microbiologie de l'Institut Pasteur à Paris en France.
La nouvelle recherche est publiée dans le dernier numéro de la revue Nature Communications.
Commentaire : La microbiomique est un domaine en pleine croissance dans lequel tous les micro-organismes d'un microbiote donné sont étudiés ensemble. Il peut s'agir du microbiote d'un échantillon environnemental comme le sol ou l'eau, d'un site corporel particulier, comme l'intestin ou la bouche, ou d'un organisme particulier, comme les animaux de ferme ou ceux qui vivent dans un zoo.
La planète des virus
Des recherches récentes en génomique environnementale ont montré que les entités biologiques les plus abondantes sur Terre sont les virus, les particules virales étant plus nombreuses que les cellules par un ou deux ordres de grandeur. Ils font preuve d'une extraordinaire diversité et se sont adaptés à pratiquement tous les environnements terrestres. Ils peuvent également être considérés comme les acteurs biologiques les plus performants en termes de potentiel de croissance, d'abondance, de biodiversité, d'adaptabilité et d'impact.
Les virus se composent d'acide nucléique — soit de l'ARN soit de l'ADN — entouré d'une coquille protéique protectrice, connue sous le nom de capside. Décrire le fonctionnement de chaque virus est simple : entrer dans une cellule vivante, pirater son mécanisme métabolique et fabriquer sa propre progéniture.
Les virus diffèrent sensiblement des cellules appartenant aux domaines bactérien, eucaryote et archée, notamment en ce qui concerne leurs modes de réplication. Bien que toute la vie cellulaire repose sur l'héritage de l'ADN à double brin ou bicaténaire, les virus peuvent être monocaténaires ou bicaténaires et utiliser l'ADN ou l'ARN comme matériel génétique. De plus, leurs génomes peuvent être circulaires ou linéaires, constitués d'une ou de plusieurs molécules. Les virus n'ont pas un seul ancêtre commun et aucun gène n'est conservé sur l'ensemble du virome, ce qui fait des virus une sorte d'assemblage génétique.
La métagénomique virale — parfois nommée « séquençage au fusil de chasse » — a ouvert une nouvelle fenêtre sur le monde viral. Elle permet à des chercheurs comme Kazlauskas, Koonin, Krupovic et Varsani d'explorer des communautés virales complexes sans aucune connaissance préalable des virus présents dans l'échantillon environnemental. Cette technique est utile pour étudier la spectaculaire diversité mondiale des virus, dont beaucoup sont difficiles ou impossibles à cultiver en laboratoire.
Commentaire : La métagénomique est une analyse sans étape de culture de l'ensemble des acides nucléiques des micro-organismes présents dans un milieu donné. Le catalogue de ces séquences représente le génome collectif ou le génome global d'un échantillon donné, appelé métagénome. Le « séquençage au fusil de chasse » (Shotgun sequencing en anglais) consiste lui à diviser au hasard des séquences d'ADN en de nombreux petits morceaux, puis à réassembler la séquence en recherchant les régions de chevauchement.
Le succès par l'« égoïsme »
Commentaire : « égoïsme » est ici entre guillemets, car il fait référence à la théorie du gène égoïste ou de l'ADN égoïste de Richard Dawkins, théorie elle-même directement dérivée de la théorie de l'évolution par sélection naturelle de Charles Darwin. Voir la série de trois articles mettant en lumière les deux théories ci-dessus mentionnées, théories qui consistent « en une foule d'événements étranges qui ont pratiquement zéro pour cent de chance de se produire. » :
Parmi les virus mis en lumière par la métagénomique virale figurent les virus à ADN CRESS. Autrefois considérés comme rares, ces virus ont depuis été découverts dans les sols, les cheminées sous-marines, les lacs et étangs de l'Antarctique, les échantillons d'eaux usées, les océans et les sources chaudes. Les virus à ADN CRESS font partie d'un super-groupe viral vaste et diversifié qui revêt une importance cruciale, tant sur le plan médical qu'économique.
Les virus à ADN CRESS peuvent être identifiés grâce à une protéine spécifique, appelée Rep, qui joue un rôle crucial dans le mécanisme de réplication du génome commun à ces virus ainsi qu'aux divers plasmides circulaires présents dans les bactéries et les archées. Des chercheurs ont récemment noté que le gène Rep est conservé dans tous les virus à ADN CRESS. L'une de leurs tâches biologiques consiste à couper et à joindre à nouveau des segments d'ADN monocaténaire — activité essentielle au mécanisme de réplication connu sous le nom de réplication circulaire de l'ADN.
Commentaire : La réplication circulaire de l'ADN est un processus de duplication d'acide nucléiques ADN ou ARN donnant plusieurs copies de molécules circulaires d'ADN ou ARN. Source
Le processus de réplication circulaire commence lorsque la protéine Rep entaille l'un des brins de la forme ADNdb du génome viral, initiant ainsi la séquence de réplication. Le brin monocaténaire ainsi obtenu par cette entaille est allongé à l'aide d'une ADN polymérase hôte, en utilisant le brin non entaillé comme modèle.
Finalement, le brin d'ADN monocaténaire nouvellement synthétisé se dissocie complètement de la forme double brin originale et ses extrémités sont réunies en un nouveau cercle simple brin, avec l'aide de Rep, un brin complémentaire peut alors se former, créant une nouvelle unité bicaténaire. Le procédé permet la synthèse rapide de multiples copies d'ADN circulaire.
La recombinaison de divers modules fonctionnels à partir de groupes viraux et plasmidiques distincts, issus de la virosphère [toutes les régions de la Terre où il existe des virus - NdT], est un processus incessant qui génère constamment de nouveaux virus à ADN bicaténaire. La présente étude examine les similitudes de séquence entre divers virus de l'ADN CRESS et des réplicons non viraux, comme les plasmides, ainsi que les outils phylogénétiques utilisés pour explorer leurs relations évolutives.
Commentaire : Un plasmide est une molécule d'ADN circulaire à double brin ou bicaténaire — dissociée du chromosome — capable de réplication autonome et non essentielle à la survie de la cellule. Les plasmides sont utilisés en génie génétique à des fins de clonage moléculaire, de production de molécules et de séquençage.
Les résultats révèlent trois événements évolutifs distincts contribuant à la composition génétique des virus à ADN CRESS. Une parenté intrigante semble exister entre les virus à ADN CRESS et les plasmides circulaires présents dans les bactéries, les archées et certains eucaryotes. Les nouveaux résultats aident à éclairer la galaxie en expansion des virus à ADN stratégique qui se répliquent par le mécanisme circulaire, dont les virus à ADN CRESS. Comme l'explique M. Krupovic :
« Il est remarquable de voir tous ces liens évolutifs entre les virus et les réplicons « égoïstes » non viraux, qui étaient autrefois considérées comme n'ayant aucun lien de parenté. En conséquence, les mécanismes généraux de l'évolution du virus ainsi que l'organisation globale du vaste monde viral commencent à s'effriter. »
Source initiale de l'article :Source de l'article : Science Daily
Contenu fourni par l'université de l'État de l'Arizona. Article original écrit par Richard Harth
Référence de publication :
Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic. « Multiple origins of prokaryotic and eukaryotic single-stranded DNA viruses from bacterial and archaeal plasmids ». Nature Communications, 2019; 10 (1) DOI: 10.1038/s41467-019-11433-0
Traduction : Sott.net
Est ce possible de considerer avant tout un temps qui a l'echelle d'une vie humaine est pour le moins incommensurable ?
Est ce possible de bien se representer mentalement un million d'années seulement , alors quand on situe les temps géologiques il s'agit d'une apparition de la vie organique telle qu'on pretend se la representer sur quelques centaines de millons voire plus d'un milliard pour les premieres formes de vie archéennes qui n'ont pas forcement laissé de traces .
Ensuite la notion de vie pour y revenir fait apparaitre une barriere conceptuelle aussi incommensurable entre la notion de vivant /non vivant malgré je recite les decouvertes completemnet oubliées ou laissés a l'abandon depuis Chandra Bose notamment .[Lien] a part par un minorité prets a braver les foudres de la censure qui sevit dans ce milieu clos qu''on dit scientifique .
les memes qui veulent nous rechauffer a coup de CO2 taxables ? on doit s'agenouiller ?
C'est probable que l'evolution est un, concept qui gene surtout ceux qui ont commencé a forcer au cloisonement comme une involution autant du savoir que de l'ouverture necessaire ?
Ce constat a faire bien avant de denoncer une eventuelle fiction romanesque pour ce qui concerne l'idée d'evolution . Ce qui sous entend une retroaction de la matiere conscience douée de memoire , phenomenes observés sur le non vivant - donc sur la matiere elle meme et faire preuve quelque part de ce qu'on peut qualifier de creativité est tout de meme fort surprenante par et pour des esprits ouverts ? est ce le cas ou vers quelle doctrine creationiste veut t'on conduire notre entendement a notre insu avec ou sans notre consentement conceptuel , un gros lezard barbu c'est lassant , c'est pourtant ce qui parait le but cherché ?
on en revient a qui a créé l'oeuf de ce lezard E.T pondeur de virus etrange et de se petits brins mono ou bi , selon le virus ou bien le virologue ou le prix de sa publication ?
Des mecanismes autant de la vie que de la simple physique d'ecole contrairement a ce qu'on ne cesse d'affirmer la primaute des theories CONTRE des observations replicables et repertoriés ,. Ces obeservations ne sont de nos jours ni reconnues dond encore pas du tout etudiée ou meme envisagées !
Ceci pas seulement dans ce domaine qu'on isole arbitrairement a cette dualité conceptuelle forcené du vivant/inanimé alors comment d'autres decouvertes pourrait elle se produire si on refuse d'elargir ce champ de recherche fondamentale qui decoule de la conscience de la matiere dite " inanimée " precisement dans le cas de ces formes qu'on nomme virus ?
D'autre part nous nous trouvons devant un champ tres etriqué par les instruments disponibles pour l'observation visuelle :
d'une part les instruments optiques en lumiere visible qui permettent d'atteindre une limiet théorique de grossissement de 2500 X et d'autre part la microscopie electronique de l'ordre de quelque quelques centaines de 1000 X , mais pour du materiel vivant apres "fixation" avec des produits comme le tetroxide d'osmium , ce qui fait des artefacts completements morts ...
Un grand vide aussi mortel que le monde intersideral ou personne n'a ete voir de ses propres yeux sinon jules vernes et bien d'autres ?Et comme le grand Leonard de vinci ses machines impossibles sont tellement habituelles qu'on ne voit meme plus cette formidable avancée du reve devenu réalité . Quand on n'a cesse de raconter que les plus lourds que l'air ne pourrait pas voler pas plus que le bourdon ?
D'autre part existent un certain nombre d'outils de chimie plus ou moins avancés de la biochimie et de la chimie qui sont toujours que des representation a partir d'une foule de théories, parceque personne n'a jamais vu une entite comme l'electron ou bien le noyau separé encore par les dogmes du XIX eme par la tres fumeuse "barriere colombienne. Dans l'application elle pourtant ne semble pas etre univeselle que pour les moinillons estidiantés par leur attente des notes qui font obtenir le diplome et le job ...A l'la fac interdit d'observer en realité ?
Donc ceci notamment dans une foule de phenomenes notamment vivants ou geologiques qu'on affirme "inexpliqués" des qu'il s'agit de ce terme prudent de metasomatose pour ne pas oser dire transmutations d'elements considérés comme stables par les censeurs plus que par des vrais chercheurs .
Il est mentionné en recherche fondamentale un chercheur qui avais reussi a mettre au point un microscope pour ytenter de combler l'intervalle entre la microscopie optique et electronique en se moquant allegrement du credo de la barrriere théorique du pouvoir separateur de la lumiere
un tel microscope a donc vraiment existé
[Lien]
avec d'autres sources qui paraissent difficilement contestables
[Lien] quand on connait l'etablissement en question et leur censure sur certaines decouvertes genantes des vieux journaux ( les smithoniens sont plutot creationnistes ? en tout les cas sans tout ce qui serait trop genant pour le consensus univer-se-taire a tendance a se perdre donc . Pas de geants sur terre mais il reste ces nouveaux nains aussi savants que ceux de la planete des singes ?
Ce,progres technique de Royal Rife declaré apres classement et destruction de son appareil , est donc "impossible" selon les théories admise et pourtant c'est ce qui avais rendu possible le traitement de cancer considérés comme causés par des formes de vie dont des virus ou des organismes intermédiaires visibles clairement avec cet instrument jamais répliqué ...
mais le cancer est une maladie qui rapporte tres cher a une industrie pas tres pressée de trouver ?
Alors je laisse les epanchement dogmatiques s'etendre sur leur credos respectifs comme st Thomas il est plus sage de ne croire qu'a qu'on voit .qaund un simple laser pour con-fait-rance permet de "visualiser " des micelles de quelques dizaines d' ångström [Lien] sans grande technique et ces phenomenes considérés si genants pour la microscopie conventionelle .quand on n'a pas essayé de refaire une replique d'aucun appareil pourtant aussi puissant ...
C'est deja ce petit pas d'interrogation intereresse il ceux qui veulent comprendre plus que ceux qui veulent sans cesse se faire la peau du vieux naturaliste et finalement tous les autres sur tout ce qui gene le consensus sur le dilemne de la vie ....en train de disparaitre a grande vitesse par tant de vendeurs et de prelats plus que de vrais chercheurs meme sur le cancer auquel cette meconnaissance savante nous comdamme TOUS a terme echu avec ces chers traitements pour la recherche surtout de l'argent ?