Passée inaperçue du grand public et sortie le 13 décembre 2020, une étude en pre-print tend à démontrer que le virus Sras-CoV-2 serait capable d'une rétrotranscriptase [ou transcriptase inverse] qui viendrait modifier l'ADN du patient infecté, ce qui pourrait expliquer pourquoi des patients déjà infectés, et guéris, excréteraient encore des semaines et des mois plus tard de l'ARN viral.

ADn ARN
© Inconnu
Ce qui suit en encart est issu d'E&R qui a effectué la traduction des Résumé et Introduction de l'étude en question. Suivra ensuite la traduction par Sott.net de la Discussion. Toutes les emphases sont de notre fait.
À noter que le site bioRxiv, conscient du caractère très sensible des informations pouvant paraître dans leurs colonnes, en particulier sur le sujet du Covid-19, s'est fendu d'un avertissement qui semble à notre sens bienvenu dans le sens où ce sujet est très technique et ne devrait pas prêter le flanc aux théories les plus fumeuses, mais ne devrait pas non plus être passé sous silence :
« bioRxiv reçoit de nombreux nouveaux articles sur le coronavirus Sras-CoV-2. Un rappel : il s'agit de rapports préliminaires (pre-print) qui n'ont pas été examinés par des pairs (peer-review). Ils ne doivent pas être considérés comme concluants, ni guider la pratique clinique ou le comportement en matière de santé, ni être rapportés dans les médias comme des informations établies. »

Résumé


L'excrétion prolongée de l'ARN du Sras-CoV-2 et la récurrence des tests PCR-positifs ont été largement rapportées chez les patients après leur guérison, même si ces patients sont le plus souvent non infectieux. Nous avons étudié ici la possibilité que les ARN du Sras-CoV-2 puissent faire l'objet d'une transcriptase inverse et être intégrés dans le génome humain et que la transcription des séquences intégrées puisse expliquer les tests PCR positifs.

À l'appui de cette hypothèse, nous avons trouvé des transcrits chimériques constitués de séquences virales fusionnées à des séquences cellulaires dans des ensembles de données publiés de cellules cultivées infectées par le Sras-CoV-2 et de cellules primaires de patients, ce qui correspond à la transcriptase de séquences virales intégrées au génome.

Pour corroborer expérimentalement la possibilité d'une rétro-intégration virale, nous décrivons les preuves que les ARN du Sras-CoV-2 peuvent être transcrits de manière inverse dans des cellules humaines par la transcriptase inverse (TI) à partir d'éléments LINE-1 ou par la TI du VIH-1, et que ces séquences d'ADN peuvent être intégrées dans le génome cellulaire et être ensuite transcrites.

L'expression endogène humaine de LINE-1 a été induite lors de l'infection par le Sras-CoV-2 ou par l'exposition aux cytokines dans des cellules en culture, ce qui suggère chez les patients un mécanisme moléculaire de rétro-intégration du Sras-CoV-2. Cette nouvelle caractéristique de l'infection par le Sras-CoV-2 peut expliquer pourquoi les patients peuvent continuer à produire de l'ARN viral après leur guérison et suggère un nouvel aspect de la réplication des virus à ARN.

Introduction

Des tests PCR positifs continus ou récurrents pour le Sras-CoV-2 ont été signalés chez des patients des semaines ou des mois après la guérison d'une infection initiale. Bien qu'une réinfection bona fide [authentique] du Sras-CoV-2 après la guérison ait été récemment signalée, des études de cohorte avec mise en quarantaine stricte des sujets guéris du Covid-19 ont suggéré que les cas de nouveaux positifs n'étaient pas dus à une réinfection. En outre, aucun virus capable de se répliquer n'a été isolé ou propagé à partir de ces patients PCR-positifs.

La cause d'une telle production prolongée et récurrente d'ARN viral est inconnue. En tant que virus à ARN à brin positif, le Sras-CoV-2 et d'autres bêta-coronavirus comme le Sras-CoV-1 et le Mers utilisent une ARN polymérase ARN-dépendante pour répliquer leur ARN génomique et transcrire leurs ARN sous-génomiques. Il est possible que les ARN du Sras-CoV-2 fassent l'objet d'une transcriptase inverse et s'intègrent dans le génome humain, et que la transcriptase des copies d'ADN intégrées soit responsable des tests PCR positifs.

Une activité de transcriptase inverse (TI) endogène a été observée dans les cellules humaines, et il a été démontré que les produits de la transcriptase inverse s'intègrent dans le génome. Par exemple, il a été démontré que les transcriptases de l'APP sont transcrites de manière inverse par la RT endogène, les fragments d'APP résultants étant intégrés dans le génome des neurones et transcrits. Les éléments humains LINE-1 (environ 17 pour cent du génome humain), un type de rétrotransposons autonomes, sont une source potentielle de RT endogène, capables de se rétrotransposer eux-mêmes et d'autres éléments non autonomes tels que Alu.

Source et traduction : E&R Corrections : Sott.net
Discussion

Dans cette étude, nous avons démontré que les ARN du Sras-CoV-2 peuvent faire l'objet d'une transcriptase inverse et être intégrés dans le génome humain par plusieurs sources de transcriptase inverse telles que le LINE-1 humain activé ou un rétrovirus co-infecté (VIH). Nous avons constaté que l'expression de LINE-1 peut être induite lors d'une infection par le Sras-CoV-2 ou d'une exposition aux cytokines, ce qui suggère un mécanisme moléculaire responsable de la rétro-intégration du Sras-CoV-2 chez les patients. En outre, nos résultats suggèrent que les séquences intégrées du Sras-CoV-2 peuvent être transcrites, comme le montrent les données RNA-Seq et smRNA-FISH, ce qui explique peut-être la présence de séquences virales à des moments ultérieurs après l'exposition initiale au virus et en l'absence de virus infectieux détectable. Les séquences Sras-CoV-2 rétro-insérées sont très probablement des fragments sub-génomiques, car les jonctions d'intégration sont principalement enrichies au niveau de la séquence N (Fig. 1d-e), ce qui exclut la production de virus infectieux. Nos données peuvent également expliquer que les patients peuvent redevenir positifs pour les séquences virales détectées par PCR, après la disparition des symptômes de la maladie.

Une importante question de suivi consiste à savoir si ces séquences intégrées du Sras-CoV-2 peuvent exprimer des antigènes viraux. Si c'est le cas, il sera intéressant sur le plan clinique d'évaluer si les antigènes viraux exprimés à partir de fragments de virus intégrés pourraient déclencher une réponse immunitaire chez les patients susceptible d'affecter l'évolution et le traitement de la maladie. Il est possible que les conséquences cliniques des fragments viraux intégrés dépendent de leurs sites d'insertion dans le génome humain, et de la régulation épigénétique qui a été démontrée chez les patients atteints du VIH. Une analyse minutieuse des sites de rétro-intégration du Sras-CoV-2 dans les échantillons de patients et la corrélation avec la gravité de la maladie aideront à élucider les conséquences cliniques potentielles. En outre, la réponse immunitaire peut varier en fonction des conditions sous-jacentes d'un individu. De manière plus générale, nos résultats suggèrent un nouvel aspect de l'infection, peut-être aussi pour d'autres virus à ARN pathogènes communs tels que la dengue, le zika ou le virus de la grippe, qui pourraient être sujets à la rétro-intégration et peut-être affecter la progression de la maladie.

La protéine LINE-1 humaine représente ~17 pour cent du génome humain, dont ~100 copies sur 500 000 sont actives. La transcriptase inverse codée par LINE-1 (ORF2p) et la protéine de soutien (ORF1p) sont connues pour rétrotransposer non seulement les transcrits de LINE-1 (en Cis), mais aussi d'autres espèces d'ARN telles que l'Alu (SINE) et l'ARNm cellulaire (en trans-créant des pseudogènes transformés), avec un mécanisme de « transcriptase inverse amorcée sur le site cible ». Il a été démontré que les protéines LINE-1 sont des chaperons d'acides nucléiques ayant une grande affinité de liaison avec les ARN39, il n'est donc peut-être pas surprenant qu'elles puissent rétro-intégrer des ARN viraux exogènes. Du point de vue de l'évolution, la rétro-intégration de l'ARN viral par LINE-1 pourrait être une réponse adaptative de l'hôte pour assurer l'expression durable de l'antigène, ce qui pourrait renforcer l'immunité protectrice. Inversement, la rétro-intégration des ARN viraux pourrait être préjudiciable et provoquer une réponse immunitaire plus sévère chez les patients, telle qu'une « tempête de cytokines » ou des réactions auto-immunes.

Nos résultats peuvent également être pertinents pour les essais cliniques actuels des thérapies antivirales. Le recours aux tests PCR pour évaluer l'effet des traitements sur la réplication virale et la charge virale peut ne pas refléter l'efficacité du traitement à supprimer la réplication virale, car le test PCR peut détecter des transcrits viraux provenant de séquences virales intégrées de manière stable dans le génome plutôt que du virus infectieux.
Liste des rédacteurs de cette étude :
  • Liguo Zhang, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
  • Alexsia Richards, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
  • Andrew Khalil, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA - John A. Paulson, School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, MA, USA - Wyss, Institute for Biologically Inspired Engineering, Harvard University, Cambridge, MA, USA
  • Emile Wogram, 1Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
  • Haiting Ma, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
  • Richard A. Young, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA - Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA
  • Rudolf Jaenisch, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA
Traduction : Sott.net